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Table 3 ISWI subunits with high frequence of abnormal copy numbers in malignancies

From: The emerging role of ISWI chromatin remodeling complexes in cancer

Tumor

Gene

Cytoband

Type of CNA

Case number with CNA

Percentage (total number)

Acral Melanoma

RSF1

11q14.1

AMP

6

15.8%(38)

BAZ2A

12q13.3

AMP

2

5.3%(38)

Adenoid Cystic Carcinoma

BAZ2A

12q13.3

HOMDEL

6

10%(60)

BAZ1A

14q13.1-q13

HOMDEL

4

6.7%(60)

Adrenocortical Carcinoma

BAZ2A

12q13.3

AMP

3

3.3%(90)

POLE3

9q32

AMP

3

3.3%(90)

Adult Soft Tissue Sarcomas

CHRAC1

8q24.3

AMP

9

4.4%(206)

Angiosarcoma

RBBP4

1p35.1

AMP

3

3.6%(83)

BPTF

17q24.2

AMP

3

3.6%(83)

CHRAC1

8q24.3

AMP

3

3.6%(83)

Bladder Cancer

CHRAC1

8q24.3

AMP

21

5.1%(408)

RSF1

11q14.1

AMP

16

3.9%(408)

BAZ2B

2q24.2

AMP

5

1.1%(442)

Brain Lower Grade Glioma

CHRAC1

8q24.3

AMP

18

3.5%(511)

Breast Cancer

CHRAC1

8q24.3

AMP

449

20.7%(2173)

RSF1

11q14.1

AMP

204

9.4%(2173)

BPTF

17q24.2

AMP

167

7.7%(2173)

BAZ1A

14q13.1-q13.2

AMP

10

4.2%(237)

CECR2

22q11.1-q11.21

HOMDEL

10

4.2%(237)

RBBP4

1p35.1

AMP

7

3%(237)

Colon cancer

BPTF

17q24.2

HOMDEL

8

7.6%(105)

BAZ2B

2q24.2

AMP

2

1.9%(105)

 

2q24.2

HOMDEL

1

1.0%(105)

Colorectal Adenocarcinoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

21

3.5%(592)

Esophageal Carcinoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

21

11.5%(182)

RSF1

11q14.1

AMP

18

4.8%(378)

SMARCA5

4q31.21

AMP

6

3.3%(182)

BPTF

17q24.2

AMP

12

3.2%(378)

BAZ2B

2q24.2

AMP

2

1.1%(184)

Gastric Cancer

SMARCA1

Xq25-q26.1

HOMDEL

106

98.1%(108)

RBBP7

Xp22.2

HOMDEL

105

97.2%(108)

CHRAC1

8q24.3

AMP

22

20.4%(108)

BAZ1B

7q11.23

AMP

7

6.5%(108)

BPTF

17q24.2

AMP

5

4.6%(108)

RSF1

11q14.1

AMP

5

4.6%(108)

POLE3

9q32

AMP

4

3.7%(108)

Head and Neck Squamous Cell Carcinoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

41

7.9%(517)

RSF1

11q14.1

AMP

18

3.5%(517)

Liver Hepatocellular Carcinoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

60

16.2%(370)

BPTF

17q24.2

AMP

16

4.3%(370)

BAZ2B

2q24.2

AMP

4

1.1%(370)

Lung Adenocarcinoma

BAZ1A

14q13.1-q13

AMP

60

11.6%(516)

CHRAC1

8q24.3

AMP

15

5.0%(302)

RSF1

11q14.1

AMP

20

3.9%(516)

BPTF

17q24.2

AMP

19

3.7%(516)

Lung Squamous Cell Carcinoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

36

7.2%(501)

BPTF

17q24.2

AMP

18

3.6%(501)

BAZ2B

2q24.2

AMP

4

1.1%(370)

 

2q24.2

HOMDEL

8

1.6%(501)

Melanoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

17

26.6%(64)

BAZ1B

7q11.23

AMP

11

17.2%(64)

BPTF

17q24.2

AMP

5

7.8%(64)

RSF1

11q14.1

AMP

4

6.3%(64)

SMARCA5

4q31.21

AMP

2

3.1%(64)

BAZ2A

12q13.3

AMP

2

3.1%(64)

 

12q13.3

HOMDEL

2

3.1%(64)

POLE3

9q32

AMP

2

3.1%(64)

 

9q32

HOMDEL

3

4.7%(64)

BAZ2B

2q24.2

AMP

3

4.7%(64)

 

2q24.2

HOMDEL

1

1.6%(64)

Mesothelioma

BPTF

17q24.2

AMP

5

5.7%(87)

Ovarian Serous Cystadenocarcinoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

156

27.3%(572)

RSF1

11q14.1

AMP

57

10%(572)

RBBP4

1p35.1

AMP

27

4.7%(572)

Pancreatic Cancer

CHRAC1

8q24.3

AMP

14

12.8%(109)

BAZ1B

7q11.23

AMP

7

6.4%(109)

RBBP4

1p35.1

HOMDEL

6

5.5%(109)

SMARCA5

4q31.21

HOMDEL

6

5.5%(109)

BPTF

17q24.2

HOMDEL

4

3.7%(109)

BAZ2B

2q24.2

AMP

2

1.8%(109)

Pediatric Neuroblastoma

BPTF

17q24.2

AMP

2

3.4%(59)

Prostate Cancer

CHRAC1

8q24.3

AMP

87

19.6%(444)

RBBP7

Xp22.2

AMP

47

10.6%(444)

BAZ1B

7q11.23

AMP

25

5.6%(444)

BPTF

17q24.2

AMP

22

5%(444)

POLE3

9q32

AMP

21

4.7%(444)

BAZ1A

14q13.1-q13.2

AMP

18

4.1%(444)

SMARCA1

Xq25-q26.1

AMP

16

3.6%(444)

BAZ1B

7q11.23

AMP

5

3.3%(150)

RBBP4

1p35.1

AMP

1

3.3%(30)

Stomach Adenocarcinoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

32

7.3%(441)

RSF1

11q14.1

AMP

16

3.6%(441)

Urothelial Carcinoma

BPTF

17q24.2

AMP

13

24.5%(53)

CHRAC1

8q24.3

AMP

8

15.1%(53)

CECR2

22q11.1-q11.21

AMP

3

5.7%(53)

RSF1

11q14.1

AMP

3

5.7%(53)

BAZ1A

14q13.1-q13.2

AMP

3

5.7%(53)

BAZ1B

7q11.23

AMP

2

3.8%(53)

BAZ2B

2q24.2

AMP

3

5.7%(53)

Uterine Carcinosarcoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

5

8.9%(56)

BPTF

17q24.2

AMP

3

5.4%(56)

SMARCA1

Xq25-q26.1

HOMDEL

2

3.6%(56)

BAZ2B

2q24.2

AMP

1

1.8%(56)

Uterine Corpus Endometrial Carcinoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

24

4.5%(539)

BAZ2B

2q24.2

AMP

6

1.1%(539)

Uveal melanoma

CHRAC1

8q24.3

AMP

14

17.5%(80)

Invasive ductal cancer

BAZ1A

14q12-q13

AMP

7

5.74%(122)

  1. All data come from the TCGA database
  2. HOMDEL homozygouse deletion, AMP amplification